配备相应的清洗设备与用物、器械清洗液、溶酶、去锈液及润滑液等。清洗设备包括：流动水清洗消毒槽（三槽：清洗槽、酶洗槽、除锈槽）高压水枪、干燥设备、计时器、通风设施、各种刷子、纱布、棉棒。

残留物的冲刷水洗：内镜及器械手术完毕后立即卸开可卸部分，清洗槽内用流动水彻底清洗，除去血液、黏液等残留物质并擦干；曲卡及各类手术钳、剪类器械、关节脱卸用软毛刷子刷洗，高压水枪冲洗各腔道、导管、管腔等。
消毒酶洗：将擦干后的内镜及器械置于1∶270全效酶洗液槽中浸泡、浸泡时间为30 min或用超声清洗机振动清洗5 min~10 min。
冲洗：经全效酶洗液浸泡后的内镜及器械放冲洗槽中用流动水彻底清洗，有管腔器械在清洗过程中应用高压水枪喷射冲洗，以去除管道内的全效酶洗液及松脱的污物。清洗拆卸部分的器械时不但冲洗器械的外表面，器械的轴节部，弯曲部，管腔内也用软刷子彻底刷洗，刷洗内镜时避免划伤镜面。
防锈去锈：器械经上述处理后，放入配好的1∶7去锈液内浸泡，浸泡时间为10 min，浸泡完后用清水冲洗。
润滑维护：冲洗后的器械放入1∶15润滑液内浸泡，浸泡2 min~3 min后捞起晾干或燥干即可。
在使内窥镜的时候，尽量采用技术人士进行操作，适当的条件下可以进行相关人员的培训工作。光纤内窥镜属于精密、贵重设备器械，应有专人管理，使用前严格按生产厂家的说明书进行岗前培训，熟悉其性能、特点、原理、操作规程、使用及保养方法以减少对仪器的损坏。

内窥镜医疗检测仪与内窥镜影像工作站等仪器设备投资大，系统复杂，科技含量高，工作环境要求高，对其安装操作使用等方面均有严格要求；保证仪器经常处于良好工作状态，发挥其应有效能，对提高医疗服务质帚和实现预期效益意义重大：而积极搞好设备维修工作，就尤为重要。根据防治结合，以防为主的维修新观念，维修应包括维护保养和故障检修两个部分。

和其他的医疗设备一样，为了保证医疗内窥镜设备的精准性，日常的维护保养工作是很重要的，维护保养属于主动维修，又称超前维修，预防性维修。
内窥镜的使用，日常维护一般由使用科室和操作人员完成.它是一项每天都要进行的工作，应该制度化，它的内容应写进操作规程和注意事项：使用科室应选派1名懂得一定仪器知识，责任心强的技术员担任专职或兼职仪管员，协助和指导操作人员做好这一工作。日常维护工作的内容一般包括：
⑴机房及仪器设备的保洁；观察调整机房温度、湿度稳定。
⑵检查机器的机械、转动、气路、水路，螺钉、螺母等部位是否正常。
⑶检查仪器表面的开关、旋钮，指示灯、仪表及显示参数是否正常。
⑷正式工作前，利用仪器自检程序检测仪器各部分的状态情况。
⑸注意仪器在运行过程中有否异常气味和声音，图像质量是否正常。
⑹检查操作人员操作仪器是否符合规程，并及时纠正。